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| Plateforme nationale de métabolomique | |
|---|---|
| Name | Plateforme nationale de métabolomique |
| Native name | Plateforme nationale de métabolomique |
| Formation | 2010s |
| Type | Infrastructure de recherche |
| Headquarters | France |
| Region served | France, Europe |
| Parent organization | CNRS, INSERM |
Plateforme nationale de métabolomique La Plateforme nationale de métabolomique est une infrastructure française dédiée à l'analyse des métabolites, conçue pour soutenir les communautés de INSERM, CNRS, CEA, Institut Pasteur et d'autres institutions académiques comme Sorbonne Université, Université Paris-Saclay, Université de Strasbourg et Université de Lyon. Elle fédère des laboratoires issus de réseaux tels que Réseau National des Plateformes Technologiques et collabore avec des organismes européens tel que EMBL et EMBL-EBI.
La plateforme propose des capacités d'analyse par spectrométrie de masse et résonance magnétique nucléaire pour des utilisateurs issus de centres tels que Institut Curie, Hôpital Saint-Louis, CHU de Grenoble et Institut Gustave Roussy, tout en établissant des passerelles avec des projets européens comme Human Metabolome Database et des infrastructures communautaires comme ELIXIR. Elle sert des thématiques variées impliquant des équipes travaillant avec ANR et des programmes financés par ERC et Horizon Europe.
La mise en place s'inscrit dans la dynamique de structuration des infrastructures françaises initiée par des appels tels que ceux du Ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation et des investissements liés au Programme d'Investissements d'Avenir piloté par la Caisse des Dépôts. Son développement a été influencé par des exemples internationaux émanant d'institutions comme Max Planck Society, Wellcome Trust, NIH et par des réseaux européens impulsés par ERIC et ESFRI.
La gouvernance associe des représentants d'organismes publics et d'universités, avec des comités scientifiques rassemblant des experts de Institut Pasteur, CEA, CNRS, INSERM et des universités impliquées telles que Université de Montpellier et Université de Bordeaux. Des comités opérationnels coordonnent l'interface avec des programmes nationaux comme ceux de ANR et des partenariats industriels incluant des acteurs comme Sanofi, Servier et des PME issues des pôles de compétitivité tels que Medicen Paris Region.
Les installations comprennent des plateformes équipées de technologies telles que des analyseurs LC-MS, GC-MS, des spectromètres FT-ICR, des systèmes UPLC, et des spectromètres RMN haute résolution fournis par des fabricants partenaires parfois cités via collaborations similaires à celles de Thermo Fisher Scientific, Bruker, Waters Corporation et Agilent Technologies. Des unités bioinformatiques s'inspirent d'architectures employées par EMBL-EBI, GenBank et PRIDE pour la gestion des données, et intègrent des normes issues de communautés telles que Metabolomics Standards Initiative.
La plateforme offre des services analytiques pour des projets menés dans des laboratoires affiliés à INSERM, CNRS, Institut Pasteur et des hôpitaux universitaires tels que AP-HP. Elle propose des prestations de formation en métabolomique destinées aux équipes de recherche financées par des appels de ANR, ERC ou des programmes régionaux comme ceux de Région Île-de-France. Des services d'annotation de métabolites s'appuient sur des références comparables à Human Metabolome Database, MassBank et MetaboLights.
La plateforme participe à projets nationaux et internationaux impliquant des partenaires tels que INSERM, CNRS, CEA, Institut Pasteur, des universités européennes comme University of Oxford, Karolinska Institutet et des réseaux cliniques comme ESCMID. Elle intervient dans des consortiums multidisciplinaires financés par Horizon Europe ou ERC sur des thématiques liant metabolomics avec des initiatives en microbiome portées par Human Microbiome Project et des programmes en oncologie liés à Institut Curie et Institut Gustave Roussy.
Les contributions scientifiques se manifestent dans la caractérisation des signatures métaboliques explorées par des équipes de INSERM, CNRS, Institut Pasteur et des hôpitaux universitaires comme CHU de Nantes, CHU de Toulouse et CHU de Lille. Les applications couvrent la recherche translationnelle en oncologie collaborant avec Institut Curie et Institut Gustave Roussy, la recherche en maladies métaboliques impliquant des équipes de Université de Strasbourg et Université de Grenoble Alpes, ainsi que des projets en environnement travaillant avec des laboratoires associés à CNRS et INRAE. La plateforme soutient la publication de données dans des bases comparables à MetaboLights et favorise la reproductibilité conformément aux pratiques promues par FAIR principles et par des initiatives de normalisation promues par OMS et agences européennes.
Category:Research infrastructures in France